大家好，我是猕猴桃。今天我们带来一篇最新发表的2分+非肿瘤生信文章的全文复现，满满干货！话不多说，直奔主题。题目是：

川崎病中自噬相关基因的鉴定与验证

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思路：

通过Genecards数据库、MSigDB数据库和基因表达综合GEO数据库。清洗数据和表型基因交集获得DEGs。并采用基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析和蛋白相互作用（PPI）进行分析。此外，预测了相关的microRNAs（miRNAs）、转录因子（TFs）和药物相互作用网络。探讨了免疫浸润。最后，利用受试者工作特征（ROC）曲线和实时荧光定量PCR（qRT-PCR），验证了ARGs在KD中的诊断价值和表达水平。

使用工具：

1.仙桃学术（https://www.xiantaozi.com/）

2.

GEO数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）

3.Genecards（https://www.genecards.org/）

4.

GSEA(https://www.gseamsigdb.org/gsea/index.jsp）

5，Mirtarbase（https://mirtarbase.cuhk.edu.cn/）

6，Ctdbase（http://ctdbase.org/）

7.Chipbase（https://rnasysu.com/chipbase3/network.php）

8.CIBERSORTX（https://cibersortx.stanford.edu/index.php）

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Fig1数据清洗及标准化

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Fig2差异分析

仙桃生信工具-输入数据集

选择分组疾病正常组。提交分析

结果下载和查看

表型基因

Genecards输入表型英文

下载结果

筛选mRNA或者可以调整参数

GSEA数据库，输入表型基因。选择物种通路。

结果下载和整理

将两个数据集整理上传

基础绘图-韦恩图

上传

结果下载，交集情况为交集到的哪些基因

下载差异分析的结果，通过阈值找差异基因

|logfc|＞1，padj＜0.05

将交集的表型基因和DEGs交集

获得表型相关性的差异表达基因（这里展示操作，比文中多一些）

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Fig3表型相关差异表达基因GOKEGG

上一步韦恩图交集基因复制到GOKEGG分析模块

复制到分子列表

结果下载保存

功能聚类GOKEGG可视化

气泡图

网络图结果

通过差异分析列表找到表型相关差异表达基因的logfc

整理成两列

功能聚类-gokegg联合FC分析

结果下载。

将选择的通路复制到ID列表

结果下载。

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Fig4互作网络（mRNA-miRNA mRNA-TF mRNA-Drugs）

String数据库，输入基因

结果下载后在cytoscape软件进行作图。

预测miRNA数据库

把每一个基因都输入进去预测。下载表格并整理。

转录因子数据库

把每一个基因都输入进去预测。下载表格并整理。

结果下载。

药物互作网络数据库

把每一个基因都输入进去预测。下载表格并整理。

整理结果文件

上传到cytoscape

画圈

常用几个条件图片的模块

结果下载PDF格式

CytoHUBBA找关键基因

结果下载。

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Fig5表达差异及roc曲线

整理分析结果的表达谱

将数据集分组信息对应到样本名，第一列为分组，第二行为基因。中间的数值为表达矩阵。

基础绘图-分组比较图

上传文件点击确认。

结果下载。（分别完成两个数据集分组比较图）

临床意义-诊断ROC

整理文件格式

上传数据，调整参数

结果下载。（一列基因一个AUC面积。如果多个基因可以分开放，或者整理到一张图）    

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Fig6免疫浸润分析

使用在线分析数据库

上传文件需要上传格式为文本文档，基因的表达矩阵文件。（上一步下载的表达谱）

下拉主页RUN

选择免疫细胞和输入文件。

结果下载

整理表格

交互网络-相关性热图

上传在线网站结果（删除第一列）

调整参数

结果下载。

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Fig7qpcr验证

其他-qPCR可视化

按着右上角教程文档整理数据格式上传即可。